Miestami modlitby vo farnosti Medžugorie sú kostol, kopec zjavenia-Podbrdo, a kopec Križevac. Niet takého pútnika, ktorý by nenavštívil všetky tri miesta. Hlavný modlitbový program začína ružencom o 18,00 h (v zime o 17,00h), nasleduje svätá omša a končí Poklonou pred Najsvätejšou Sviatosťou Oltárnou. Skupiny pútnikov z rôznych častí sveta majú denne sv. Omšu vo svojom jazyku. Každú nedeľu je na Podbrde modlitba ruženca o 16,00 h (v zime o 14,00 h) a pobožnosť krížovej cesty každý piatok na Križevci o 16,00 h (v zime o 14,00 h).